Fue fundado por el conde Pelagius Froilaz y su mujer Ildoncia Ordóñez, nieta de la reina Valesquita. Adquirieron los condes la villa de Lapedo por medio de una permuta con Vermudo III, a quien pertenecía esta tierra en Salcedo, fechada el 4 de octubre de 1032.

En 1141 Petrus Adefonsi, que había logrado reunir las porciones de las antiguas tierras del Monasterio, repartidas a la muerte de Pelagio e Ildonza, entrega Lapedo al abad Adefonsus y otros monjes del Cister.

Alfonso VII confirmó los privilegios de Santa María de Lapedo, las inmunidades jurisdiccionales y de tributación, y la posesión de todos los bienes patrimoniales adquiridos.

El conde Petrus Adefonsi y su mujer donaron al Emperador, por las mismas fechas, (1151) el Monasterio que hasta entonces habían tenido bajo su patronato. Las heredades que lograron reunir los monjes cistercienses fueron extensísimas, " In primis locus ipse  in quo ecclesia Sancte Marie fundata esta Lapedo nomine, cum cautis et firmacionibus suis quas predecesores nostri fecerunt reges que et nos firmauimus, et insuper hec alia que nos statuimos,  firmissima, et perhemniter in Christo firmamus pisos homines nostros de criacione anupderos, vinaderos, de qualincumque seruicio fuerint, et eos qui de illis exierint, qui sub uobis habitant in cauto Sancte Marie de Lapedo et in Lapedo, et in Cecana (Cezana), et in Sancto Cosme, et in Quiores ( ¿Cigüedres?), et in Morugia (Meruja) damus e concedimus ut habeatis iure peremni. Deinde alias uidelicet hereditatis  Sanctum Iulianum de Pionia (Belmonte) cum suis directuris, Couas (Cuevas), Ermulfi (Almurfe), Sanctus Cosme, Ceçana, Boenas (Boinás), Uilla Noua (Candamo),Quiores, Merugia, Viganna de Salcedo (en Grado), Vigania de Arzello (Vigaña de Arcello), Çiaza (Seaza), Ambax (Ambás-Grado), Veiga de Cuuia, Cuuia (Cubia), Villa Marín (Grado),Varzana de rege (Bárzana-Grado) cum suis directuris, ambas veygas de Teuerga (Teverga),monte illo, Suuaolar, Ondes, Nozeda (Grado o Belmonte), Villam Bonam (Belmonte), Castannera (Castañera-Agüera-Belmonte). In Vadauia (Babia-León), Tourestío, illa Freyta, Campo de Mola, Cenoseda,  Ponte Trasmiro,  Quintanella; in Vinnao, Valle de Fresno, Almunia de Legione, Villa Cidres (Cigüedres), Sanctum Martinum de Ceya, Sanctum Stephanum de Boca de Mare (San Esteban, Muros del Nalón), Venas, Velandres de Uallo, Villam nouam de Oscos (Villanueva de Oscos), Vez de Meruam....". Así son enumeradas en el documento adulterado de la conformación de privilegios y posesiones hecha por Alfonso VII, con fecha de 1151; figuran algunos territorios que el Monasterio adquirió con posterioridad a esa fecha. El mismo Emperador y su hermana Sancha, añadieron nuevas donaciones y otros monarcas leoneses.

Santa María de Lapedo y sus monasterios filiales (San Andrés de Agüera, San Esteban de Villar de Cobos, San Esteban de Boca de Mar, Santa María de Restiello, San Esteban de Piantón), disfrutaron de una vida próspera. Alfonso IX hizo en 1214 una confirmación de las propiedades del cenobio.